¿Cómo usar concordancia amplia modificada?

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ResumenLa diferenciación entre los pacientes con carcinoma de células escamosas de pene que pueden beneficiarse de una cirugía limitada de preservación de órganos y los que tienen un riesgo significativo de metástasis en los ganglios linfáticos se basa en factores pronósticos histopatológicos que incluyen el grado histológico y el subtipo histológico del tumor. Se examinaron los niveles de acuerdo interobservador e intraobservador en la evaluación del subtipo y el grado histológicos en 207 pacientes con carcinoma de células escamosas de pene. Los casos fueron evaluados por siete patólogos de tres hospitales situados en Suecia e Italia. La concordancia en la evaluación del subtipo y el grado histológicos fue de baja a moderada, con kappas de Fleiss de 0,25 (rango: 0,02-0,48) y 0,23 (rango: 0,07-0,55), respectivamente. Al elegir los subtipos asociados y no asociados al VPH, la concordancia interobservador varió de mala a buena, con un valor kappa de Fleiss de 0,36 (rango: 0,02-0,79). Una nueva revisión de los portaobjetos por parte de dos de los patólogos mostró una muy buena concordancia intraobservador en la evaluación del grado histológico y el subtipo, con valores kappa de Cohen de 0,94 y 0,91 para el grado y 0,95 y 0,84 para el subtipo. La baja concordancia interobservador podría conducir a un infratratamiento y sobretratamiento de muchos pacientes con cáncer de pene, y pone en duda la utilidad del subtipo histológico y el grado tumoral para determinar el tratamiento del paciente en los tumores pT1.

Matchtype

Tras 60 años de uso, el programa CES retiró el sistema de Clasificación Industrial Estándar (SIC) y lo sustituyó por la NAICS. La NAICS es el producto de un esfuerzo de colaboración entre Estados Unidos (EE.UU.), Canadá y México. Un sistema de clasificación compartido por los tres países permite la comparación directa de los datos económicos a través de las fronteras de Norteamérica.

Los códigos NAICS no están relacionados con los códigos SIC, sino que NAICS es una forma completamente rediseñada de codificar las industrias. La NAICS reconoce cientos de empresas más que la SIC, sobre todo en el sector de los servicios, de rápido crecimiento.

La NAICS tiene el doble de agrupaciones industriales agregadas que la SIC. El nivel más alto de la clasificación NAICS se denomina sector, y corresponde aproximadamente a la división en SIC. Hay 20 amplios sectores en la NAICS, frente a sólo 10 divisiones en la SIC. La tabla 2 muestra los sectores de la NAICS; la tabla 3 muestra las divisiones de la SIC. La conversión a la NAICS aumentó el detalle de los servicios, con nuevos sectores como el de la información; los servicios profesionales, científicos y técnicos; y los servicios administrativos y de apoyo y de gestión de residuos y remediación, y estableció un nuevo sector, el de los servicios de alojamiento y alimentación.

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ResumenLas pruebas moleculares para detectar variantes genómicas se recomiendan en el cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) avanzado. La biopsia de tejido estándar es a veces inviable, arriesgada desde el punto de vista del procedimiento o insuficiente en cuanto a la cantidad de tejido tumoral. Presentamos el estudio de validación analítica y concordancia de las variantes del EGFR mediante un nuevo ensayo de biopsia líquida de 17 genes (NCT02762877). De 144 pacientes inscritos con CPNM no escamoso en estadio IV recién diagnosticado o progresivo, 140 (97%) tenían resultados del ensayo líquido, y 117 (81%) tenían resultados tanto del EGFR en sangre como en tejido. Se detectaron alteraciones en el 58% de las muestras líquidas. La concordancia global entre tejido y líquido para las alteraciones del EGFR fue del 94,0% (IC del 95%: 88,1%, 97,6%), con una concordancia porcentual positiva del 76,7% (57,7%, 90,1%) y negativa del 100% (95,8%, 100%). La concordancia para las variantes estructurales de ALK fue del 95,7% (90,1%, 98,6%). Este ensayo detectó alteraciones en otros genes terapéuticamente relevantes a una tasa similar a la del análisis de tejidos. Estos resultados demuestran la validez analítica y clínica de este ensayo de 17 genes.

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Las barras invertidas al final de cada línea, excepto la última, se utilizan para poder formatear la línea de comandos en varias líneas. El comando anterior también podría escribirse en una sola línea; sin embargo, en la documentación solemos formatear el comando para que se muestre en varias líneas para mayor claridad.

jvm-args son argumentos específicos de Java, no de Picard. No proporcionamos orientación para especificar los argumentos de la JVM (máquina virtual de Java), excepto para especificar la memoria: la mayoría de los comandos están diseñados para ejecutarse en 2GB de JVM, por lo que recomendamos utilizar el argumento JVM -Xmx2g.

Las OPCIONES pueden ser cualquiera de las opciones estándar listadas en primer lugar, y/o cualquiera de las opciones específicas de cada herramienta. Los valores de los argumentos pueden ser nombres de archivo, cadenas (de caracteres alfanuméricos), valores enumerados, flotantes (números decimales), enteros o booleanos (verdadero/falso). Las opciones suelen tener un valor que se establece por defecto pero que puede modificarse especificando un valor diferente en la línea de comandos.

Por ejemplo, INPUT=input.bam especifica un archivo, donde INPUT es la OPCIÓN y input.bam es el valor que indica qué archivo utilizar. Como otro ejemplo, STRANDSPECIFICITY=NONE especifica el argumento STRANDSPECIFICITY para el que la documentación enumera los valores aceptables: NONE, FIRST_READ_TRANSCRIPTION_STRAND y SECOND_READ_TRANSCRIPTION_STRAND.

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